특수관계인인 임대인에게 부과된 취득세 중과분을 임차인이 부담한 경우, 소득세법상 부당행위계산 부인대상에 해당되는지 여부

특수관계인에게 부동산임대용역을 공급하고 시가에 따라 임대수입금액을 수령하는 사업자가, 약정에 따라 임차인의 원인으로 임대인에게 부과된 취득세 중과분을 임차인으로부터 수령하고, 이를 임대수입금액에 산입하여 신고하는 경우에는 소득세법상 부당행위계산의 부인대상에 해당하지 아니함

질의인(임대인)는 父(임차인)와 임대차계약을 체결하고, ‘22.0.0.부터 현재까지 서울 A구 BBB로20 소재 토지를 임대하고 있는 임대사업자임

• 토지 임대료는 감정평가법인의 감정가액으로 정하여 매월 수취하고 있으며, 임차인은 임대기간 중 해당 토지에 고급주택을 신축하여 ‘24.0.0. 사용승인을 받았음

-지방세법상 고급주택을 신축할 경우, 주택소유자 뿐 아니라 토지소유자인 질의인도 토지 취득시 납부한 취득세와는 별도로 쟁점 취득세중과분을 납부해야 함에 따라

-질의인은 ‘24.0월말까지 쟁점 취득세중과분(약 00억원)을 납부할 예정이며, 향후 고급주택을 타 용도에 사용하더라도 납부한 세액은 환급되지 아니함

○한편,‘24.0.0. 임대차계약서를 갱신(계약기간:‘24.0.00.∼ ‘26.0.00)하며, 계약서 제6조에 임차인이 건물을 신축함에 따라 임대인이 제세공과금을 추가로 부담하게 되는 경우

• 해당 제세공과금은 임차인에게 청구할 수 있는 것으로 규정하였으며 제4조에서는 임대차계약이 종료되면 임차인이 토지를 원상회복하여 반환해야 함을 명시하고 있음

-질의인은 쟁점 취득세중과분을 부담한 이후, 계약내용에 따라 임차인에게 이를 청구하여 임대수입금액과 필요경비로 각각 계상할 예정임

2. 질의요지

○특수관계인 사이의 임대차계약으로, 월 임대료는 감정평가법인의 감정가액으로 시가를 산정하여 수령하고 있으나

• 임차인의 고급주택 신축에 따라 임대인에게 부과된 취득세 중과분(이하 “쟁점 취득세중과분”)을 약정에 따라 임차인이 부담하고 임대인은 이를 사업소득 총수입금액에 포함하여 신고한 경우

• 소득세법상 부당행위계산의 부인대상에 해당하는지 여부

3. 관련 법령

○ 국세기본법 시행령 제1조의2 【특수관계인의 범위】

① 법 제2조제20호가목에서 “혈족ㆍ인척 등 대통령령으로 정하는 친족관계”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 관계(이하 “친족관계”라 한다)를 말한다. <개정 2023. 2. 28.>

1. 4촌 이내의 혈족

2. 3촌 이내의 인척

3. 배우자(사실상의 혼인관계에 있는 자를 포함한다)

4. 친생자로서 다른 사람에게 친양자 입양된 자 및 그 배우자ㆍ직계비속

5. 본인이 민법에 따라 인지한 혼인 외 출생자의 생부나 생모(본인의 금전이나 그 밖의 재산으로 생계를 유지하는 사람 또는 생계를 함께하는 사람으로 한정한다)

○ 소득세법 제19조 【사업소득】

① 사업소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 제21조제1항제8호의2에 따른 기타소득으로 원천징수하거나 과세표준확정신고를 한 경우에는 그러하지 아니하다. <개정 2014.1.1, 2017.12.19, 2018.12.31, 2019.12.31>

12. 부동산업에서 발생하는 소득. 다만, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 제4조에 따른 공익사업과 관련하여 지역권ㆍ지상권(지하 또는 공중에 설정된 권리를 포함한다)을 설정하거나 대여함으로써 발생하는 소득은 제외한다.

② 사업소득금액은 해당 과세기간의 총수입금액에서 이에 사용된 필요경비를 공제한 금액으로 하며, 필요경비가 총수입금액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액을 "결손금"이라 한다.

③ 제1항 각 호에 따른 사업의 범위에 관하여는 이 법에 특별한 규정이 있는 경우 외에는 통계법 제22조에 따라 통계청장이 고시하는 한국표준산업분류에 따르고, 그 밖의 사업소득의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

○ 소득세법 제41조 【부당행위계산】

① 납세지 관할 세무서장 또는 지방국세청장은 배당소득(제17조제1항제8호에 따른 배당소득만 해당한다), 사업소득 또는 기타소득이 있는 거주자의 행위 또는 계산이 그 거주자와 특수관계인과의 거래로 인하여 그 소득에 대한 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 거주자의 행위 또는 계산과 관계없이 해당 과세기간의 소득금액을 계산할 수 있다. <개정 2012. 1. 1.>

② 제1항에 따른 특수관계인의 범위와 그 밖에 부당행위계산에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. <개정 2012. 1. 1.>

○ 소득세법 시행령 제51조 【총수입금액의 계산】

③ 사업소득에 대한 총수입금액의 계산은 다음 각 호에 따라 계산한다. <개정 1998. 12. 31., 1999. 12. 31., 2000. 12. 29., 2005. 2. 19., 2005. 8. 19., 2006. 2. 9., 2008. 2. 22., 2010. 2. 18., 2012. 2. 2., 2012. 7. 24., 2013. 2. 15., 2018. 2. 13., 2024. 2. 29.>

1. 부동산을 임대하거나 지역권ㆍ지상권을 설정 또는 대여하고 받은 선세금(先貰金)에 대한 총수입금액은 그 선세금을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세기간의 합계액으로 한다. 이 경우 월수의 계산은 기획재정부령으로 정하는 바에 따른다.

5. 제1호, 제1호의2부터 제1호의4까지, 제2호부터 제4호까지 및 제4호의2 외의 사업과 관련된 수입금액으로서 해당 사업자에게 귀속되었거나 귀속될 금액은 총수입금액에 산입한다.

○ 소득세법 시행령 제98조 【부당행위계산의 부인】

① 법 제41조 및 제101조에서 “특수관계인”이란 국세기본법 시행령 제1조의2제1항, 제2항 및 같은 조 제3항제1호에 따른 특수관계인을 말한다. <개정 2012. 2. 2.>

② 법 제41조에서 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우로 한다. 다만, 제1호부터 제3호까지 및 제5호(제1호부터 제3호까지에 준하는 행위만 해당한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우만 해당한다. <개정 2010. 2. 18., 2012. 2. 2.>

1. 특수관계인으로부터 시가보다 높은 가격으로 자산을 매입하거나 특수관계인에게 시가보다 낮은 가격으로 자산을 양도한 경우

2. 특수관계인에게 금전이나 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율 등으로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 직계존비속에게 주택을 무상으로 사용하게 하고 직계존비속이 그 주택에 실제 거주하는 경우는 제외한다.

3. 특수관계인으로부터 금전이나 그 밖의 자산 또는 용역을 높은 이율 등으로 차용하거나 제공받는 경우

4. 특수관계인으로부터 무수익자산을 매입하여 그 자산에 대한 비용을 부담하는 경우

5. 그 밖에 특수관계인과의 거래에 따라 해당 과세기간의 총수입금액 또는 필요경비를 계산할 때 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우

③ 제2항제1호의 규정에 의한 시가의 산정에 관하여는 법인세법 시행령 제89조제1항 및 제2항의 규정을 준용한다. <신설 1998. 12. 31., 2005. 2. 19.>

④ 제2항제2호 내지 제5호의 규정에 의한 소득금액의 계산에 관하여는 법인세법 시행령 제89조제3항 내지 제5항의 규정을 준용한다. <신설 1998. 12. 31., 2005. 2. 19.>

○ 상속세 및 증여세법 제4조 【증여세 과세대상】

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 증여재산에 대해서는 이 법에 따라 증여세를 부과한다. <개정 2016.12.20>

1. 무상으로 이전받은 재산 또는 이익

2. 현저히 낮은 대가를 주고 재산 또는 이익을 이전받음으로써 발생하는 이익이나 현저히 높은 대가를 받고 재산 또는 이익을 이전함으로써 발생하는 이익. 다만, 특수관계인이 아닌 자 간의 거래인 경우에는 거래의 관행상 정당한 사유가 없는 경우로 한정한다.

○ 상속세 및 증여세법 제4조의2 【증여세 납세의무】

① 수증자는 다음 각 호의 구분에 따른 증여재산에 대하여 증여세를 납부할 의무가 있다. <개정 2016.12.20, 2018.12.31>

1. 수증자가 거주자(본점이나 주된 사무소의 소재지가 국내에 있는 비영리법인을 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 경우: 제4조에 따라 증여세 과세대상이 되는 모든 증여재산

2. 수증자가 비거주자(본점이나 주된 사무소의 소재지가 외국에 있는 비영리법인을 포함한다. 이하 제6항과 제6조제2항 및 제3항에서 같다)인 경우: 제4조에 따라 증여세 과세대상이 되는 국내에 있는 모든 증여재산

② 제1항에도 불구하고 제45조의2에 따라 재산을 증여한 것으로 보는 경우(명의자가 영리법인인 경우를 포함한다)에는 실제소유자가 해당 재산에 대하여 증여세를 납부할 의무가 있다. <신설 2018.12.31>

③ 제1항의 증여재산에 대하여 수증자에게 소득세법에 따른 소득세 또는 법인세법에 따른 법인세가 부과되는 경우에는 증여세를 부과하지 아니한다. 소득세 또는 법인세가 소득세법, 법인세법 또는 다른 법률에 따라 비과세되거나 감면되는 경우에도 또한 같다. <개정 2018.12.31>

○ 지방세법 제11조 【부동산 취득의 세율】

① 부동산에 대한 취득세는 제10조의2부터 제10조의6까지의 규정에 따른 과세표준에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. <개정 2010. 12. 27., 2013. 12. 26., 2015. 7. 24., 2016. 12. 27., 2018. 12. 31., 2019. 12. 31., 2021. 12. 28., 2023. 3. 14.>

1. 상속으로 인한 취득

• 가. 농지: 1천분의 23

• 나. 농지 외의 것: 1천분의 28

2. 제1호 외의 무상취득: 1천분의 35. 다만, 대통령령으로 정하는 비영리사업자의 취득은 1천분의 28로 한다.

3. 원시취득: 1천분의 28

4. 삭제 <2014. 1. 1.>

5. 공유물의 분할 또는 부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률 제2조제1호나목에서 규정하고 있는 부동산의 공유권 해소를 위한 지분이전으로 인한 취득(등기부등본상 본인 지분을 초과하는 부분의 경우에는 제외한다): 1천분의 23

6. 합유물 및 총유물의 분할로 인한 취득: 1천분의 23

7. 그 밖의 원인으로 인한 취득

• 가. 농지: 1천분의 30

• 나. 농지 외의 것: 1천분의 40

○ 지방세법 제13조 【과밀억제권역 안 취득 등 중과】

⑤ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산등을 취득하는 경우(고급주택 등을 구분하여 그 일부를 취득하는 경우를 포함한다)의 취득세는 제11조 및 제12조의 세율과 중과기준세율의 100분의 400을 합한 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 이 경우 골프장은 그 시설을 갖추어 체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률에 따라 체육시설업의 등록(시설을 증설하여 변경등록하는 경우를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)을 하는 경우뿐만 아니라 등록을 하지 아니하더라도 사실상 골프장으로 사용하는 경우에도 적용하며, 고급주택ㆍ고급오락장에 부속된 토지의 경계가 명확하지 아니할 때에는 그 건축물 바닥면적의 10배에 해당하는 토지를 그 부속토지로 본다. <개정 2010. 12. 27., 2011. 12. 31., 2016. 12. 27., 2018. 12. 31., 2023. 3. 14.>

1. 삭제 <2023. 3. 14.>

2.골프장: 체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률에 따른 회원제 골프장용 부동산 중 구분등록의 대상이 되는 토지와 건축물 및 그 토지 상(上)의 입목

3.고급주택: 주거용 건축물 또는 그 부속토지의 면적과 가액이 대통령령으로 정하는 기준을 초과하거나 해당 건축물에 67제곱미터 이상의 수영장 등 대통령령으로 정하는 부대시설을 설치한 주거용 건축물과 그 부속토지. 다만, 주거용 건축물을 취득한 날부터 60일[상속으로 인한 경우는 상속개시일이 속하는 달의 말일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일이 속하는 달의 말일부터 각각 6개월(납세자가 외국에 주소를 둔 경우에는 각각 9개월)] 이내에 주거용이 아닌 용도로 사용하거나 고급주택이 아닌 용도로 사용하기 위하여 용도변경공사를 착공하는 경우는 제외한다.

○ 지방세법 제16조 【세율 적용】

① 토지나 건축물을 취득한 후 5년 이내에 해당 토지나 건축물이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하게 된 경우에는 해당 각 호에서 인용한 조항에 규정된 세율을 적용하여 취득세를 추징한다. <개정 2010. 12. 27., 2023. 3. 14.>

1. 제13조제1항에 따른 본점이나 주사무소의 사업용 부동산(본점 또는 주사무소용 건축물을 신축하거나 증축하는 경우와 그 부속토지만 해당한다)

2. 제13조제1항에 따른 공장의 신설용 또는 증설용 부동산

3. 제13조제5항에 따른 골프장, 고급주택 또는 고급오락장

② 고급주택, 골프장 또는 고급오락장용 건축물을 증축ㆍ개축 또는 개수한 경우와 일반건축물을 증축ㆍ개축 또는 개수하여 고급주택 또는 고급오락장이 된 경우에 그 증가되는 건축물의 가액에 대하여 적용할 취득세의 세율은 제13조제5항에 따른 세율로 한다. <개정 2010. 12. 27., 2023. 3. 14.>

③ 제13조제1항에 따른 공장 신설 또는 증설의 경우에 사업용 과세물건의 소유자와 공장을 신설하거나 증설한 자가 다를 때에는 그 사업용 과세물건의 소유자가 공장을 신설하거나 증설한 것으로 보아 같은 항의 세율을 적용한다. 다만, 취득일부터 공장 신설 또는 증설을 시작한 날까지의 기간이 5년이 지난 사업용 과세물건은 제외한다.

④ 취득한 부동산이 대통령령으로 정하는 기간에 제13조제2항에 따른 과세대상이 되는 경우에는 같은 항의 세율을 적용하여 취득세를 추징한다.

⑤ 같은 취득물건에 대하여 둘 이상의 세율이 해당되는 경우에는 그중 높은 세율을 적용한다.